Awal mula pondok pesantren Bahrul Maghfiroh didirikan oleh Prof. Dr. Ir. Mohammad Bisri, MS., pada tahun 1995 dibawah naungan Yayasan Al Ma’rifat dengan nama Pondok Pesantren Al Ma’rifat As Syafi’iyyah. Kemudian pada tahun 1998, pondok berganti nama menjadi Pondok Pesantren Bahrul Maghfiroh dan diasuh oleh KH. Luqmanul Karim yang merupakan adik dari Prof. Bisri. Pada tahun 2011, Gus Luqman mendirikan yayasan yang diberi nama “Bahrul Maghfiroh Cinta Indonesia”. Yayasan tersebut menjadi payung hukum yang menaungi Pondok Pesantren Bahrul Maghfiroh. Kemudian beliau mendirikan lembaga-lembaga pendidikan formal, seperti TK, SD, SMP dan SMA, dan menambah fasilitas untuk santri sehingga pondok pesantren semakin berkembang.